Seit ein paar Tagen kann ich z.B. folgende Webseiten nicht mehr aufrufen: microsoft.de, napster.de
Das Problem ist, dass dadurch der MSN Messenger und auch Napster nicht mehr laufen. Habe ich mir vielleicht einen Trojaner eingefangen? Ist schon merkwürdig, dass ich alle Webseiten bis auf wenige nicht mehr aufrufen kann. Habe auch schon Freunde befragt, jedoch ist alles bei denen ok, also microsoft.de und napster.de sind natürlich nicht down. Echt merkwürdig, hoffe dass es kein Virus oder Trojaner ist.

Das muss nicht unbedingt ein Trojaner oder Virus sein. Wenn nur verzeinzelte Websites nicht funktionieren, kann das damit zusammenhängen, dass die MTU zu hoch ist und verringert werden muss. MTU ist die Maximum Transmission Unit, die MTU gibt (unter der Voraussetzung, dass das Paket nicht gesplittet werden muss!) die maximale Größe eines Pakets an, das man über ein Netzwerk übertragen kann. Beim TCP/IP Protokoll werden die Daten nicht auf einmal versendet, sondern werden in kleine Pakete zerlegt und wie eine Rohrpost nach und nach durch die Leitung "gejagt".
Quelle: Maximum Transmission Unit - Wikipedia

Zu Deinem Problem:
Du musst auf deinem Befehlsinterpreter mit ping austesten, welche Paketgröße maximal durchgelassen wird. Z.B.:
ping -f -l 1450 hostname

Nähere Infos wie du die MTU in Windows XP ändern kannst, findest du hier:
SO WIRD'S GEMACHT: Ändern der MTU-Größe für PPPoE in Windows XP